Podczas gdy oba produkty oczyszczają powietrze z zanieczyszczeń, działają na dwa zupełnie różne sposoby.
W zależności od tego, dlaczego chcesz kupić domowy filtr powietrza, zdecydujesz, czy powinieneś kupić urządzenie do oczyszczania powietrza z filtrem HEPA, czy jonizator. Główną różnicą między jonowym oczyszczaczem powietrza a oczyszczaczem HEPA jest sposób, w jaki każdy produkt usuwa zanieczyszczenia z powietrza. Oczyszczacz powietrza HEPA działa poprzez zasysanie powietrza do urządzenia przez gęsty, fizyczny filtr, który zatrzymuje zanieczyszczenia. Następnie wypycha czyste, świeże powietrze do pomieszczenia. Proces ten ciągle się powtarza, gdy produkt jest włączony i utrzymuje pomieszczenie całkowicie wolne od zanieczyszczeń. Jeśli do pomieszczenia dostaną się nowe zanieczyszczenia, takie jak dym lub kurz, urządzenie w końcu wciągnie te cząsteczki do filtra i uniemożliwi ich powrót do pomieszczenia. Jonizator działa poprzez wysyłanie do powietrza jonów naładowanych elektrycznie, które wiążą się ze szkodliwymi zanieczyszczeniami. Po utworzeniu wiązania cząsteczki stają się zbyt ciężkie, aby pozostawać w powietrzu.
Powoduje to, że zanieczyszczenia spadają na podłogę lub jeśli jonizator jest wyposażony w płytkę zbiorczą, są przyciągane do tego elementu, a następnie muszą być czyszczone. Zaletą oczyszczacza powietrza HEPA jest to, że faktycznie wychwytuje i zatrzymuje zanieczyszczenia filtrowane z powietrza oraz ma wymienne części, na przykład filtry hepa h14. Dzięki jonizatorowi zawsze istnieje szansa, że cząsteczki mogą zostać wyrzucone z powrotem w powietrze, gdy ktoś przechodzi przez pokój. Powoduje to, że niekończący się cykl zanieczyszczeń jest usuwany z powietrza i powraca. Produkty zawierające płytkę zbiorczą lepiej kończą ten cykl, ale również nie są idealne. Jest to dobre w przypadku większości zastosowań domowych, ale w przypadku dużej przestrzeni biznesowej może to być nie wystarczające. Pod wieloma względami oczyszczacz powietrza HEPA jest bardziej zaawansowaną technologią, ale wiąże się z pewnymi kosztami, ponieważ tego typu produkty wykorzystują filtr fizyczny, który należy wymieniać co roku, jeśli nie częściej.